文献的搜集、整理、阅读和综述是科研必经的过程。参考文献时刻伴随在科研人员左右,是研究的得力助手。但是,在使用参考文献时,常常伴随一些不尽人意之处:引用格式繁多,整理难得章法,笔记注释纷乱等等。因此,一个服帖的文献管理软件是科研人员工作效率提升的利器。目前世面上有一些文献管理软件,各具特点,也各有自己的用户群。今天这篇文章,我想介绍一下在我眼中是文献管理终级神器的Zotero。

优点

Zotero是一个开源的文献管理软件,源代码托管在Github上,可以免费使用。同时,Zotero的软件界面是基于浏览器内核的,支持Windows, MacOS, Linux多种操作系统。此外,Zotero的拓展性极强,软件社区活跃,有很多插件可供选用,有Web开发基础的研究人员也可以自己开发Zotero的插件。最后,Zotero提供浏览器插件,方便用户快速地下载和保存文献。

以上四个优点,让曾经在多种文献管理软件之间徘徊的我,产生了写一篇文章力荐这个软件的想法。下面我就简要介绍一些我所使用的这个软件的功能。

下载安装

Zotero的官网可以方便地找到下载页面。点击下载按钮,会自动根据用户操作系统和使用的浏览器跳出三个下载内容,一个是Zotero的本地安装包,一个是浏览器插件Zotero connector的安装地址,还有一个是插件列表。先安装本地软件,只要按向导完成即可,过程很快。然后安装浏览器插件。对于Chrome浏览器,安装插件有一点点小困难,相信你已经可以自己找到解决方法。

文献搜集

目前研究人员的文献搜集方法,大多是使用在线数据库,如Web of science、Science direct等等,还包括数据库的数据库,如Google scholar、百度学术等。这些数据库都提供相应的网页搜索功能。但是不尽如人意的是,尽管很多数据库都提供了各自的在些文献管理功能,如Web of science的Endnote、Science direct的Mendeley、百度学术自带的文献管理等,但是这些数据库之前的交流并不友好,使用方法也不同。而使用科研软件,并不像使用生活类软件那样,用户可以粘住某一个平台的软件使用。所以一款能统一所有数据库,并同时支持本地和在线的文献管理软件是十分必要的。而本地的文献管理软件,如Endnote,又对在网页中搜集和添加参考文献的支持不是很友好,软件自带的搜索数据库不能满足中国用户需要。Paper3提供了文献meta在线匹配的功能,同样地也无法满足中国用户的需要。这是很多科研人员在使用文献管理软件时碰到的问题。

Zotero使用起来最方便之处,就是它的浏览器插件,可以用于快速地保存网页中找到的参考文献。这个插件安装后,会在浏览器中产生一个按钮(支持Chrome,Firefox等),当你在线搜索到一篇或一系列文献时,这个按钮会检测到你目前的页面中所包含的文献信息和pdf附件。只要轻点按钮,就可以把这些信息和所有的附件下载到本地的Zotero软件中。使用起来非常方便。下面我们来实战操作

文献搜索的过程就不赘述了。打开一篇文献之后(以这篇为例),你可以看到,Zotero插件的图标有了变化,鼠标放上去,会看到Save to Zotero (ScienceDirect)的提示。这说明这篇Science direct上的文献被Zotero Connector成功地识别。

save to zotero

下面,我们把这篇文章保存到Zotero。打开Zotero,然后点击浏览器中的Zotero connector按钮,这时在浏览器的右下角会弹出一个消息提示框,如图所示。

saving dialog

这个提示框的意思是,这篇文章被保存在了我的文库管理分类下。并且创建了两个附件,一个是网页的快照,一个是文献的pdf版本。这时回到Zotero,你会发现,这篇文章已经保存进来了。双击这个条目,自动使用系统pdf查看器打开pdf附件。右侧的信息栏中,所有与文献有关的信息都被保存下来,方便以后查找和引用。

就算不使用浏览器插件,对于已经下载好的pdf文件,Zotero也可以方便地管理。只要把pdf文件拖入软件界面,软件就会自动为其创建一个条目。如果安装了Zotfile插件,它会自动识别出pdf文件所对应的文献信息,并创建条目。如果没有安装,需要用户右击,选择“识别PDF元数据信息”也可以达到一样的效果。

文献归类

Zotero提供了文献的文件夹归类和关键词归类功能。个人下载的文献全部保存在我的文库管理分类下。可以创建多个文件夹分类管理文献,也可以在文件夹中进一步建立子文件夹。使用拖放操作就可以把文献条目放入新的分类中。软件提供的重复条目未分类条目都可以有效地帮助管理文献。

在阅读文献时,用户可以手动为文献添加关键词,这些关键词会被罗列在左下角。点击关键词可以列出含所选关键词的所有文献。

另外,在文献列表的右上角还提供全文搜索框,可以快速地搜索文献。

Word文献引用

文献引用是写作时最费力不讨好的事情,好在文献管理软件可以帮助我们解决问题。如果使用Zotero管理文献,在写作时管理文献十分方便。它去掉了Endnote一些不必要的功能,保留文献管理软件最基本的功能,其它的工作交给编辑软件来完成。

在安装Zotero时,会自带安装一个word引用插件。新建一个word文档,你会发现在Ribbon界面中多出了一个名为Zotero的选项卡。如下图所示。

zotero word插件

第一个按钮用来引用文献。当行文到要引用文献的位置时,点击这个按钮,会跳出一个Zotero文献选择对话框。如果是这篇文档中第一次使用,会跳出一个格式选择对话框,选择你需要的格式。然后在文献选择对话框中输入关键词(中文是要以空格结尾)就可以弹出有关的文献。选择一个或多个,再按回车,就可以把这些文献引用进来了。

zotero 引用文献

第二个按钮用于生成引文目录。在文章写到最后需要插入参考文献目录时,点击这个按钮,Zotero就会自动生成参考文献目录。

最后三个按钮,设置按钮可以进行更改引用格式等操作,刷新按钮可以对更新过的引文进行刷新,Unlink按钮可以在最终定稿后,把插入的域转换为纯文字。

文献同步

很多科研人员使用不只一台电子设备。如办公室和家里各有一台台式计算机,还有一台手提电脑等等情形。所以文献同步有时可以发挥很大的作用。 Zotero对文献的云同步支持很好。用户可以注册一个免费账号,这样所有的文献都可以自动同步到Zotero云端。在Zotero网站上点击登陆就可以看到你的所有文献信息了。但是文献的附件由于体积较大,不会默认上传。如果用户希望上传附件,可以选择上传到Zotero服务器,但是免费用户有一定的空间限制。可以选择付费提升空间限制,也可以选择其它支持WebDAV功能的文件服务。我部署了一台私人网络存储服务器(NAS),是支持WebDAV功能的,于是把pdf文献同步在里面。这样我使用的办公室台室机和自己的Mac就可以一直保持同步了。其它没有NAS设备的用户,可以考虑云端网络存储提供商的服务,如七牛云(为本网站提供免费云存储)、坚果云等。当然也可以选择不同步附件。

使用插件

Zotero提供一个插件列表。里面有很多插件可供选择。我目前在使用的插件有两个,一个是Zotfile,一个是Zotero Better Bib(La)TeX。Zotfile支持将添加的pdf文件自动命名,可以提取pdf文件中的注释信息等等。Zotero Better Bib(La)TeX插件可以为每一个条目创建一个BibTeX使用的索引,还提供了BibTeX导出的功能,对于使用LaTeX写作者来说非常好用。

在网页上下载了希望安装的插件后,可以通过插件管理器从文件安装插件。

编写自己的插件

Zotero是一个开源软件,可以参与整个软件的开发。但是对于科研人员,更多地是对插件的开发。如果用户有javascript开发基础,又对已有的插件不是很满意,可以自己开发插件使用,还可以分享到社区中。

开发插件最简单的是translator。Zotero的translator是一种重要的插件,直接关系到参考文献的导入和导出,包括从网站的下载。如果你认为某些网站识别不出来(如万方)或者有很网站的Translater还不尽如人意(如CNKI,暂时无法识别pdf),可以自己撰写一个javascript translator来完成自己想要的功能。Zotero提供了自己的API,网页识别采用的是XPath技术,开发文档可以看这里。另外,还有一个经常需要开发的是引文格式。各个杂志、会议都有自己规定的引文格式。Citation Styles项目收录了很多开源的参考文献格式,可以直接在Zotero中使用。但是,可能还是会有一些格式没有收录。这时需要用户自己开发。只要按格式撰写一个相应的.cls文本文件就可以了。开发文档可以看这里

文献协作

Zotero提供了文献协作功能,你的文献可以轻松地与一同科研的同事进行分享和协作。这里就不详细介绍了。

总结

总之,之所以把Zotero称为“终级神器”,是因为一个软件不可能满足用户的所有需求。但是Zotero是一个高度可开发可定制的软件,对于用户的需求可以及时填补。此谓“终级”。至于“神器”,敬请读者自行体会。