文献的搜集、整理、阅读和综述是科研必经的过程。参考文献时刻伴随在科研人员左右，是研究的得力助手。但是，在使用参考文献时，常常伴随一些不尽人意之处：引用格式繁多，整理难得章法，笔记注释纷乱等等。因此，一个服帖的文献管理软件是科研人员工作效率提升的利器。目前世面上有一些文献管理软件，各具特点，也各有自己的用户群。今天这篇文章，我想介绍一下在我眼中是文献管理终级神器的 Zotero。
优点
Zotero 是一个开源的文献管理软件，源代码托管在 Github 上，可以免费使用。同时，Zotero 的软件界面是基于浏览器内核的，支持 Windows, MacOS, Linux 多种操作系统。此外，Zotero 的拓展性极强，软件社区活跃，有很多插件可供选用，有 Web 开发基础的研究人员也可以自己开发 Zotero 的插件。最后，Zotero 提供浏览器插件，方便用户快速地下载和保存文献。
以上四个优点，让曾经在多种文献管理软件之间徘徊的我，产生了写一篇文章力荐这个软件的想法。下面我就简要介绍一些我所使用的这个软件的功能。
下载安装
Zotero 的官网可以方便地找到下载页面。点击下载按钮，会自动根据用户操作系统和使用的浏览器跳出三个下载内容，一个是 Zotero 的本地安装包，一个是浏览器插件 Zotero connector 的安装地址，还有一个是插件列表。先安装本地软件，只要按向导完成即可，过程很快。然后安装浏览器插件。对于 Chrome 浏览器，安装插件有一点点小困难，相信你已经可以自己找到解决方法。
文献搜集
目前研究人员的文献搜集方法，大多是使用在线数据库，如 Web of science、Science direct 等等，还包括数据库的数据库，如 Google scholar、百度学术等。这些数据库都提供相应的网页搜索功能。但是不尽如人意的是，尽管很多数据库都提供了各自的在些文献管理功能，如 Web of science 的 Endnote、Science direct 的 Mendeley、百度学术自带的文献管理等，但是这些数据库之前的交流并不友好，使用方法也不同。而使用科研软件，并不像使用生活类软件那样，用户可以粘住某一个平台的软件使用。所以一款能统一所有数据库，并同时支持本地和在线的文献管理软件是十分必要的。而本地的文献管理软件，如 Endnote，又对在网页中搜集和添加参考文献的支持不是很友好，软件自带的搜索数据库不能满足中国用户需要。Paper3 提供了文献 meta 在线匹配的功能，同样地也无法满足中国用户的需要。这是很多科研人员在使用文献管理软件时碰到的问题。
Zotero 使用起来最方便之处，就是它的浏览器插件，可以用于快速地保存网页中找到的参考文献。这个插件安装后，会在浏览器中产生一个按钮（支持 Chrome，Firefox 等），当你在线搜索到一篇或一系列文献时，这个按钮会检测到你目前的页面中所包含的文献信息和 pdf 附件。只要轻点按钮，就可以把这些信息和所有的附件下载到本地的 Zotero 软件中。使用起来非常方便。下面我们来实战操作
文献搜索的过程就不赘述了。打开一篇文献之后（以这篇为例），你可以看到，Zotero 插件的图标有了变化，鼠标放上去，会看到Save to Zotero (ScienceDirect)的提示。这说明这篇 Science direct 上的文献被 Zotero Connector 成功地识别。
下面，我们把这篇文章保存到 Zotero。打开 Zotero，然后点击浏览器中的 Zotero connector 按钮，这时在浏览器的右下角会弹出一个消息提示框，如图所示。
这个提示框的意思是，这篇文章被保存在了我的文库管理分类下。并且创建了两个附件，一个是网页的快照，一个是文献的 pdf 版本。这时回到 Zotero，你会发现，这篇文章已经保存进来了。双击这个条目，自动使用系统 pdf 查看器打开 pdf 附件。右侧的信息栏中，所有与文献有关的信息都被保存下来，方便以后查找和引用。
就算不使用浏览器插件，对于已经下载好的 pdf 文件，Zotero 也可以方便地管理。只要把 pdf 文件拖入软件界面，软件就会自动为其创建一个条目。如果安装了 Zotfile 插件，它会自动识别出 pdf 文件所对应的文献信息，并创建条目。如果没有安装，需要用户右击，选择“识别 PDF 元数据信息”也可以达到一样的效果。
文献归类
Zotero 提供了文献的文件夹归类和关键词归类功能。个人下载的文献全部保存在我的文库管理分类下。可以创建多个文件夹分类管理文献，也可以在文件夹中进一步建立子文件夹。使用拖放操作就可以把文献条目放入新的分类中。软件提供的重复条目和未分类条目都可以有效地帮助管理文献。
在阅读文献时，用户可以手动为文献添加关键词，这些关键词会被罗列在左下角。点击关键词可以列出含所选关键词的所有文献。
另外，在文献列表的右上角还提供全文搜索框，可以快速地搜索文献。
Word 文献引用
文献引用是写作时最费力不讨好的事情，好在文献管理软件可以帮助我们解决问题。如果使用 Zotero 管理文献，在写作时管理文献十分方便。它去掉了 Endnote 一些不必要的功能，保留文献管理软件最基本的功能，其它的工作交给编辑软件来完成。
在安装 Zotero 时，会自带安装一个 word 引用插件。新建一个 word 文档，你会发现在 Ribbon 界面中多出了一个名为 Zotero 的选项卡。如下图所示。
第一个按钮用来引用文献。当行文到要引用文献的位置时，点击这个按钮，会跳出一个 Zotero 文献选择对话框。如果是这篇文档中第一次使用，会跳出一个格式选择对话框，选择你需要的格式。然后在文献选择对话框中输入关键词（中文是要以空格结尾）就可以弹出有关的文献。选择一个或多个，再按回车，就可以把这些文献引用进来了。
第二个按钮用于生成引文目录。在文章写到最后需要插入参考文献目录时，点击这个按钮，Zotero 就会自动生成参考文献目录。
最后三个按钮，设置按钮可以进行更改引用格式等操作，刷新按钮可以对更新过的引文进行刷新，Unlink 按钮可以在最终定稿后，把插入的域转换为纯文字。
文献同步
很多科研人员使用不只一台电子设备。如办公室和家里各有一台台式计算机，还有一台手提电脑等等情形。所以文献同步有时可以发挥很大的作用。 Zotero 对文献的云同步支持很好。用户可以注册一个免费账号，这样所有的文献都可以自动同步到 Zotero 云端。在 Zotero 网站上点击登陆就可以看到你的所有文献信息了。但是文献的附件由于体积较大，不会默认上传。如果用户希望上传附件，可以选择上传到 Zotero 服务器，但是免费用户有一定的空间限制。可以选择付费提升空间限制，也可以选择其它支持 WebDAV 功能的文件服务。我部署了一台私人网络存储服务器（NAS），是支持 WebDAV 功能的，于是把 pdf 文献同步在里面。这样我使用的办公室台室机和自己的 Mac 就可以一直保持同步了。其它没有 NAS 设备的用户，可以考虑云端网络存储提供商的服务，如七牛云（为本网站提供免费云存储）、坚果云等。当然也可以选择不同步附件。
使用插件
Zotero 提供一个插件列表。里面有很多插件可供选择。我目前在使用的插件有两个，一个是 Zotfile，一个是 Zotero Better Bib(La)TeX。Zotfile 支持将添加的 pdf 文件自动命名，可以提取 pdf 文件中的注释信息等等。Zotero Better Bib(La)TeX 插件可以为每一个条目创建一个 BibTeX 使用的索引，还提供了 BibTeX 导出的功能，对于使用 LaTeX 写作者来说非常好用。
在网页上下载了希望安装的插件后，可以通过插件管理器从文件安装插件。
编写自己的插件
Zotero 是一个开源软件，可以参与整个软件的开发。但是对于科研人员，更多地是对插件的开发。如果用户有 javascript 开发基础，又对已有的插件不是很满意，可以自己开发插件使用，还可以分享到社区中。
开发插件最简单的是 translator。Zotero 的 translator 是一种重要的插件，直接关系到参考文献的导入和导出，包括从网站的下载。如果你认为某些网站识别不出来（如万方）或者有很网站的 Translater 还不尽如人意（如 CNKI，暂时无法识别 pdf)，可以自己撰写一个 javascript translator 来完成自己想要的功能。Zotero 提供了自己的 API，网页识别采用的是 XPath 技术，开发文档可以看这里。另外，还有一个经常需要开发的是引文格式。各个杂志、会议都有自己规定的引文格式。Citation Styles项目收录了很多开源的参考文献格式，可以直接在 Zotero 中使用。但是，可能还是会有一些格式没有收录。这时需要用户自己开发。只要按格式撰写一个相应的.cls文本文件就可以了。开发文档可以看这里。
文献协作
Zotero 提供了文献协作功能，你的文献可以轻松地与一同科研的同事进行分享和协作。这里就不详细介绍了。
总结
总之，之所以把 Zotero 称为“终级神器”，是因为一个软件不可能满足用户的所有需求。但是 Zotero 是一个高度可开发可定制的软件，对于用户的需求可以及时填补。此谓“终级”。至于“神器”，敬请读者自行体会。
